Проверьте, что серверу хватает доступного пространства на диске.
Авторизуйтесь в терминале сервера, кликните по вкладке Статус системы -> Предупреждения. Если там появляется ошибка "невозможно начать индексирование" (англ. failed to start index), сделайте следующее:
Сервер может быть не в состоянии переиндексировать том, если он зашифрован другим паролем, отличающимся от действующего пароля шифрования, указанного в Настройке -> Тома.
Все настроенные тома должны быть зашифрованы с использованием единого пароля шифрования, заданного во вкладке Настройка->Тома. В таких случаях при переиндексации число писем будет равно нулю, ошибки шифрования появятся в файле лога отладки debug.log file (смотрите Настройка -> Логи). Решение: перезашифруйте данные с импользованием нужного пароля шифрования. Для более подробных инструкций обращайтесь к Перешифрованию тома.
Том может не переиндексироваться, если формат тома указан неверно. Файл volumeinfo в корне пути к хранилищу тома определяет версию его формата: V1 или V2. Файл volumeinfo можно отредактировать с помощью текстового редактора, например, Wordpad или vi. Если в папке хранилища тома есть файлы .zz, то формат должен быть V2, в противном случае - V1. После исправления файла, перезагрузите сервер и переиндексируйте проблемный том.
Следующая ошибка появится в логе переиндексации, доступном во вкладке Статус системы -> Процессы.
2014-05-06 12:53:55,669 reindex 125482f9c75bb851 failed:attempt to unlock read lock, not locked by current thread
Это проблема появляется в версии v3.8.20. Решение: обновитесь до версии 3.8.21.